Anlægssummen for Storebæltsforbindelsen udgjorde ved ibrugtagningen i 1998 ca. 26,44 mia. kr. i løbende priser (svarende til ca. 37,8 mia. kr. i 2018-priser). Vej og jernbane tegner sig omtrent for hver sin halvdel af anlægssummen.
Hele anlægssummen inklusive renter betales tilbage udelukkende af brugerne, dvs. bilisterne og Banedanmark. I 2019 betalte bilisterne 2.916 mio. kr. i broafgift, mens det årlige vederlag fra Banedanmark udgjorde 292 mio. kr.
Ved udgangen af 2019 udgjorde A/S Storebælts rentebærende nettogæld ca. 18,9 mia. kr. Gældsafviklingen har i 2019 været på 0,9 mia. kr.
I dag lander tilbagebetalingstiden samlet set på 34 år, hvorved gælden forventes tilbagebetalt i 2032. Tilbagebetalingstiden er uændret i forhold til 2018.