Anlægssummen for byggeriet på Storebælt er 21,4 mia. kr. i 1988-priser (svarende til ca. 38,1 mia. kr. i 2016-priser). Vej og jernbane tegner sig omtrent for hver sin halvdel af anlægssummen.
Hele anlægssummen inklusive renter betales tilbage udelukkende af brugerne, dvs. bilisterne og Banedanmark. I 2016 betalte bilisterne 3.069 mio. kr. i broafgift, mens det årlige vederlag fra Banedanmark udgjorde 268 mio. kr.
Ved udgangen af 2016 udgjorde A/S Storebælts rentebærende nettogæld ca. 21,3 mia. kr. Gældsafviklingen har i 2016 været på 1,2 mia. kr.
For A/S Storebælt er tilbagebetalingstiden på forbindelsen reduceret med 1 år i forhold til sidste år og udgør 30 år fra åbningstidspunktet.