Anlægssummen for Storebæltsforbindelsen udgjorde ved ibrugtagningen i 1998 ca. 26,44 mia. kr. i løbende priser (svarende til ca. 39 mia. kr. i 2018-priser). Vej og jernbane tegner sig omtrent for hver sin halvdel af anlægssummen.
Hele anlægssummen inklusive renter betales tilbage udelukkende af brugerne, dvs. bilisterne og Banedanmark. I 2017 betalte bilisterne 3.164 mio. kr. i broafgift, mens det årlige vederlag fra Banedanmark udgjorde 348 mio. kr.
Ved udgangen af 2017 udgjorde A/S Storebælts rentebærende nettogæld ca. 20,3 mia. kr. Gældsafviklingen har i 2017 været på 1 mia. kr.
I dag lander tilbagebetalingstiden samlet set på 34 år, hvorved gælden forventes tilbagebetalt i 2032. Derved forlænges tilbagebetalingstiden med 4 år i forhold til 2016.