Femern A/S er en del af Sund & Bælt Holding A/S, som ejes 100 pct. af det danske Transportministerium. Sund & Bælt Holding A/S er også ansvarlig for den faste forbindelse over Storebælt.
Femern A/S har hovedkvarter i København. Derudover har selskabet kontorer i Burg (på Fehmarn) og Rødbyhavn. Selskabet har pr. 31. december 2020 129 ansatte.
Femern A/S har til opgave at designe og planlægge en fast forbindelse over Femern Bælt mellem Danmark og Tyskland, herunder koblingspunkterne til de danske landanlæg.
Som en del af projektforberedelserne er Femern A/S også ansvarlig for at gennemføre udbud af byggeopgaverne på kyst til kyst-forbindelsen.
Selve kyst til kyst-forbindelsen er et dansk ejet anlæg, 100 pct. finansieret af den danske stat, mens Danmark og Tyskland hver især står for at finansiere og udbygge de respektive trafikanlæg på land.