Femern-tunnelen vil opfylde de høje sikkerhedsstandarder, som Danmark, Tyskland og EU foreskriver. Det gælder både for vej- og jernbanerørene. Der er ingen modgående trafik og ingen til- og frakørsler i tunnelen. Et gennemgående nødspor, servicegalleriet og forbindelsesdøre mellem tunnelrørene for hver 108 m sikrer en hurtig flugtvej for trafikanter og hurtig adgang for redningsfolk. Effektive, højtydende ventilationsanlæg blæser i tilfælde af brand røg ud af tunnelen i kørselsretningen. Sprinkleranlæg kan aktiveres i vejrørene fra kontrolcentret. For hver 54 m er der desuden nødstationer med håndslukningsudstyr, hydranter samt nødtelefoner.
Tunnelen får et permanent bemandet kontrol- og overvågningscenter. Personalet i tunnelens kontrolcenter overvåger trafikken døgnet rundt, således at enhver kritisk situation opdages meget tidligt, og der kan reageres hurtigt. De endelige procedurer for beredskabstjenesters indsats i Danmark og Tyskland i tilfælde af en ulykke i tunnelen fastlægges på et senere tidspunkt i nøje samråd med myndighederne i de to lande. Det er planlagt, at der skal oprettes en foreløbig beredskabstjeneste med uddannet personale og lette køretøjer, der er placeret ved portalbygningerne eller i selve tunnelen, og som dermed kan foretage en hurtig indsats.
Intet tyder på, at tunnelskræk er en mere udbredt fobi end flyskræk, broskræk eller færgeskræk. Fænomenet har ikke haft målbar indflydelse på Øresundstunnelen, og intet tyder på, at det vil være tilfældet for Femern. Angst kan imidlertid godt være et stort problem for den enkelte, og vi har naturligvis en interesse i, at alle vores trafikanter får en god og tryg oplevelse, når de passerer tunnelen. Derfor har vi taget højde for problemet i vores designarbejde. Forskning viser, at man kan øge trygheden og sikkerheden i en tunnel ved at skabe afvekslende omgivelser og god belysning, og det sørger vi netop for at gøre i Femern-tunnelen. Vejrørenes inderside får en farverig, meget afvekslende og god belysning, dekorative elementer samt tydelige informationer med hyppig skiltning, så den ti minutter lange tur gennem tunnelen føles kortere og mere behagelig.
Tunnelen er udformet på en måde, så det vil være muligt at transportere farligt gods under sikre forhold og i overensstemmelse med nationale og internationale bestemmelser. Bestemmelserne for transport af farligt gods fastlægges af myndighederne, der også fastsætter eventuelle begrænsninger.
Læs mere på Femerns hjemmeside.