Det er isen i den sidste istid, der har udformet det danske landskab. På et tidspunkt har isranden stået ved en linie gående fra Sprogø til Korsør. Isranden har ikke stået stille, men som det kan ses utallige andre steder i Danmark, har isens bevægelser sine steder skubbet moræneaflejringer op. En af disse er Sprogø. Typisk er moræneaflejringer meget uensartede. Noget indeholder store sten. Noget er domineret af ler. En gåtur tværs over Sprogø viser med al tydelighed, at der er meget forskellige jordbundsforhold. Således også på havbunden.
På havbunden er der øverst et lag moræneler. Dernæst er der mergel. Og nederst kalk. Prøveboringer afslørede, at tykkelsen og udbredelsen af de forskellige lag varierer meget.
Det gik ikke stille for sig, da loven om Storebæltsforbindelsen skulle vedtages i Folketinget. Det blev accepteret, at der ville ske ændringer i nærmiljøet omkring Sprogø, men betingelsen var at broen ikke måtte hæmme vandudskiftningen i Østersøen i en sådan grad, at det marine liv blev ændret.
Den nu største del af Sprogø er nydannet. Det vil sige, man har her haft en enestående chance for at designe Danmark. Skabe landskabet som man syntes, Danmark burde se ud.
Princippet har været, at det der blev ødelagt på den gamle del af Sprogø under byggeriet, skulle man så vidt muligt kompensere for ved skabelsen af den nye del af Sprogø. Der har den grønbrogede tudse, som er en af de organismer, der er specielle for Sprogø, været med til at styre slagets gang. Et af vandhullerne, som er yngleplads for tudserne, blev kraftigt formindsket i forbindelse med bygningen af motorvej og jernbane, derfor er der gravet nye vandhuller på den gamle del af Sprogø.
Materialet til Ny Sprogø er først og fremmest de 10.000 år gamle istidsaflejringer, der blev bragt op i dagen ved tunnelgraveriet og afgravninger i havbunden for at kompensere for broens blokerende effekt. Oprindeligt var planerne, at den nye del af Sprogø skulle være et kuperet landskab. Men det var der ikke jord nok til. Og derfor er der nu en sø på østenden af den nye del af Sprogø, hvor der, hvis der havde været jord nok, skulle have været en bakke.
A/S Storebælt har en målsætning om at tage størst muligt hensyn til fuglelivet, for at folk, der passerer, kan få en naturoplevelse. Den bedste måde at tiltrække så mange ynglende, rastende og trækkende fugle til Sprogø som muligt, er ved at græsse øen tæt ned. Derfor er der sat køer og får ud på øen.