Anlægssummen for Storebæltsforbindelsen udgjorde ved ibrugtagningen i 1998 ca. 26,44 mia. kr. i løbende priser (svarende til ca. 41,5 mia. kr. i 2022-priser). Vej og jernbane tegner sig omtrent for hver sin halvdel af anlægssummen.

Hele anlægssummen inklusive renter betales tilbage udelukkende af brugerne, dvs. bilisterne og Banedanmark. I 2022 betalte bilisterne 3.091 mio. kr. i broafgift, mens det årlige vederlag fra Banedanmark udgjorde 299 mio. kr.

Den rentebærende nettogæld for A/S Storebælt udgjorde 17,5 mia. kr. ved udgangen af 2022. Tilbagebetalingstiden er opgjort til 36 år (svarende til 2034), og heri indgår, at A/S Storebælt skal medfinansiere regeringens Infrastrukturplan 2035 med udbytter på samlet set 7,9 mia. kr.

Det giver isoleret set en forlængelse af tilbagebetalingstiden på 3-4 år, men i modsat retning trækker en forventet normalisering af trafikindtægterne oven på covid-19 pandemien.