Femern A/S fremlagde i februar 2016 en analyse af den samlede økonomi i projektet, herunder anlægsomkostninger, omkostninger til drift, vedligeholdelse og reinvesteringer, EU-støtte, trafikindtægter og renteudgifter. Analysen viste, at projektøkonomien er solid. 

Femern-forbindelsens samlede økonomiske ramme på 55,1 mia. kr. (2015-prisniveau) er fastlagt i anlægsloven fra 2015. Femern A/S følger et anlægsbudget på 52,6 mia. kr. som vores styrings- og rapporteringsgrundlag, hvoraf 7,3 mia. kr. er reserver. Størrelsen af reserverne er fastlagt af revisions- og rådgivningsvirksomheden EY på baggrund af en grundig ekstern revision af projektets økonomi og risici.