Det er brugerne af Storebæltsforbindelsen og Øresundsbron, der betaler anlæggene. Taksterne sættes først og fremmest, så de to selskaber til enhver tid kan tilbagebetale deres gæld.

Priserne for at køre over Storebæltsforbindelsen reguleres via en politisk aftale fra 2017 og justeres herudover årligt på baggrund af udviklingen i forbrugerprisindekset.

Priserne på Øresundsforbindelse reguleres ud fra forretningsprincipper og konkurrencesituationen. Det er besluttet i Konsortieaftalen fra 1992 mellem de danske og svenske ejere. Det er bestyrelsen, der fastsætter takster og rabatter.

Foruden afbetaling af Storebælts gæld går der hvert år også penge til drift og vedligehold af forbindelsen samt reinvesteringer.

Herudover er der ved flere lejligheder på baggrund af politiske aftaler trukket udbytte af broens overskud.

2009:
Den politiske aftale om en grøn transportpolitik, indgået i januar 2009, betyder, at A/S Storebælt frem til 2022 skal bidrage til finansiering ved udbyttebetaling. Det forlænger tilbagebetalingstiden med 6 år.

2014:
I 2014 besluttede politikerne at reducere betaling til A/S Storebælt for drift af jernbanestrækningen mellem Nyborg og Korsør Station med 200 mio. kr. årligt som en del af finansieringen af forårets Vækstpakke. Denne beslutning betyder, at tilbagebetalingstiden blev forlænget med 1 år i 2014.

2016:
Som en del af Finanslov 2016 blev den årlige betaling for jernbanevirksomhedernes benyttelse af de faste forbindelser over Storebælt og Øresund nedjusteret. Beløbet er fra og med 2016 afhængig af den faktiske togtrafik, hvor det tidligere har været et fast beløb afsat på finansloven.

2017:
Den 21. september 2017 blev der indgået en politisk aftale om bl.a. prisnedsættelser på Storebæltsforbindelsen og at A/S Storebælt skal bidrage til finansiering af udvidelsen af dele af den fynske motorvej. Dertil blev det besluttet at reducere priserne med 15 pct. pr. 1. januar 2018, stigende til i alt 25 pct., når vejene står færdige i 2022. Det fik betydning for tilbagebetalingstiden, der samlet blevet forlænget med 4 år og udgjorde 34 år, hvorved gælden forventes tilbagebetalt i 2032.

2021:
I ”Infrastrukturplan 2035” blev der aftalt en fortsat udlodning af udbytte fra A/S Storebælt frem mod 2030. Det betyder isoleret set en forlængelse af tilbagebetalingstiden i A/S Storebælt på 2 år til 36 år. Gælden ventes betalt i 2034.