Banedanmarks Regionale Fjernstyringscentral i Roskilde styrer og overvåger jernbanetrafikken over Storebæltsforbindelsen. Jernbanestrækningen er udstyret med et signalsystem, der gør, at togtrafikken kan afvikles med en strækningshastighed på 180 km/t i begge retninger.
Storebæltsforbindelsens jernbanedel består af stationerne i Korsør og Nyborg samt tunnelen og vestbroen.
Storebælts jernbanestrækning er åben 24 timer hele året.
Banedanmarks trafikale regler (SR | Banedanmark) beskriver restriktioner i tilfælde af særlige vejrforhold eller nedsat kapacitet af de jernbanetekniske installationer.
Sund & Bælt, DSB og Banedanmark udsender løbende informationer om trafikforhold på Storebælts jernbanestrækning.